Bởi vì sự cải thiện vệ sinh không làm giảm tỷ lệ mắc bệnh vi rút rota, và tỷ lệ nhập viện vẫn còn cao dù cho đã có nhiều loại thuốc uống bù điện giải, cách phòng chống chủ yếu trong y tế cộng đồng vẫn là tiêm phòng.[61]Năm 2006, hai loại vắc-xin phòng chống nhiễm vi rút rota loại A đã được chỉ ra là an toàn và hiệu quả đối với trẻ em: Rotarix do GlaxoSmithKline sản xuất[62] và RotaTeq do Merck sản xuất.[63] Các vắc xin được sử dụng bằng đường uống và chứa các vi rút đã làm suy yếu. Vắc-xin vi rút rota đã được đăng ký ở hơn 100 quốc gia, nhưng chỉ có 17 nước đưa tiêm chủng vi rút rota vào chương trình tiêm chủng thường xuyên.[64]

Chương trình tiêm chủng vắc xin vi rút rota là một hợp tác giữa PATH, Tổ chức Y tế Thế giới (WHO), và Trung tâm Kiểm soát và Phòng chống Bệnh Hoa Kỳ, và được tài trợ bởi Liên minh Toàn cầu về Vắc xin và Miễn dịch. Chương trình nhắm tới việc giảm tỷ lệ mắc bệnh và tỷ lệ chết do tiêu chảy bằng việc tạo ra vắc-xin vi rút rota cho các nước đang phát triển.[65]

Ngày 5 tháng 6 năm 2009, WHO thông báo rằng các thử nghiệm lâm sàng của vắc xin Rotarix "tại nơi có tỷ lệ chết cao và điều kiện kinh tế xã hội thấp ở Nam Phi và Malawi, cho thấy vắc xin đã làm giảm đáng kể mức độ nghiêm trọng của tình trạng tiêu chảy do vi rút rota". WHO giờ đây khuyến khích việc đưa tiêm chủng vắc xin vi rút rota vào chương trình tiêm chủng thường kỳ tại mọi quốc gia[66]. Có nhiều vắc-xin vi rút rota mới vẫn đang được nghiên cứu [67]

Năm 2012, Việt Nam đã sản xuất thành công vắc xin Rotavin-M1 và đưa vào sử dụng trên cả nước[68][69].